Через два года Yuna возвращается к новым приключениям в сильно изменившемся мире Spira заполненном Al Bhed технологиями, летающими храмами и огнестрельным оружием. Глобальное изменение претерпел и сам процесс игры. Теперь нет линейного сюжета, которому нужно следовать. Вся игра поделена на миссии, которые вы можете выполнять в любой последовательности, причем порядок их выполнения коренным образом отразится на сюжете.